El Centro está dirigido por el Consejo Ejecutivo, integrado por representantes de los siete miembros del consorcio, un representante de las y los Investigadoras/es Postdoctorales y el Gestor Científico.

Cada año, el Consejo Ejecutivo elige cuatro Directoras/es (dos de las instituciones asociadas alemanas y dos de las latinoamericanas) para dirigir el Centro. Dos Directoras/es tendrán su base en São Paulo durante sus periodos, mientras que las/los otras/os dos presidirán el Centro desde sus instituciones de origen.

Un Comité de Ética y un Comité Científico, compuestos por académicas/os destacadas/os y representantes de la sociedad civil, siguen de cerca las actividades del Centro para garantizar la excelencia científica y la pertinencia social de todas las actividades de investigación y divulgación, así como la transparencia, el equilibrio entre géneros y la equidad intersectorial en todos los procesos de selección. La Gerencia Académica, con sede en São Paulo y Berlín, se encarga de la gestión operativa del Centro y rinde cuentas ante las y los Directoras/es y el Consejo Ejecutivo.