El Centro está dirigido por el Consejo Ejecutivo, integrado por representantes de los siete miembros del consorcio, un representante de las y los Investigadoras/es Postdoctorales y el Gestor Científico.
Cada año, el Consejo Ejecutivo elige cuatro Directoras/es (dos de las instituciones asociadas alemanas y dos de las latinoamericanas) para dirigir el Centro. Dos Directoras/es tendrán su base en São Paulo durante sus periodos, mientras que las/los otras/os dos presidirán el Centro desde sus instituciones de origen.