O Centro é conduzido pelo Conselho Executivo, composto por representantes das sete instituições-membro, um/a representante das/os Pesquisadoras/es Pós-doutorandas/os e a Gerência Científica.
A cada ano o Conselho Executivo elege quatro Diretoras/es (dois das instituições alemãs, dois das instituições latino-americanas) para gerirem o Centro. Dois dessas/es Diretoras/es permanecem em São Paulo durante seus mandatos, enquanto os outros dois presidem o Centro a partir de suas instituições de origem.