O Centro é conduzido pelo Conselho Executivo, composto por representantes das sete instituições-membro, um/a representante das/os Pesquisadoras/es Pós-doutorandas/os e a Gerência Científica.

A cada ano o Conselho Executivo elege quatro Diretoras/es (dois das instituições alemãs, dois das instituições latino-americanas) para gerirem o Centro. Dois dessas/es Diretoras/es permanecem em São Paulo durante seus mandatos, enquanto os outros dois presidem o Centro a partir de suas instituições de origem.

Um Comitê de Ética e um Comitê Científico composto por acadêmicas/os de destaque e representantes da sociedade civil acompanham de perto as atividades do Centro para assegurar a excelência científica e relevância social de todas as atividades de pesquisa e divulgação, bem como transparência, equilíbrio de gênero e equidade interseccional em todos os processos seletivos. A Gerência Acadêmica sediada em São Paulo e em Berlim é responsável pela gestão operacional do Centro, respondendo diretamente aos e às Diretoras/es e ao Conselho Executivo.